Günümüzde embriyo seçimi embriyonun morfolojik yapısına yani dış görünüşlerine göre yapılan seçime dayanır.
Temelde embriyonun blastomer denilen hücre sayısı ve bu blastomerlerin eşit olup olmaması ve fragman denilen artıkların hücre içindeki oranları bize embriyonun kalitesi hakkında bilgi verir.
Morfolojik inceleme bir taraftan basit ve hızlı bir metot olarak avantaj sağlarken diğer taraftan belli bir tecrübe gerektirmesiyle ve standardizasyon beklentilerinin düşüklüğüyle fazlasıyla sübjektif olmanın dezavantajlarını getirmektedir ve yazıkki ideal bir yöntem değildir. Son yıllarda özellikle tek embriyo transferinin yaygınlaşması ile en iyi ve gebelik şansı en yüksek olan embriyonun hangisi olduğunu anlamaya yönelik bir çok çalışma yapılmaktadır. Bunların bir çoğu henüz deneyseldir ve yeterli kanıt düzeyine ulaşamamıştır. Bunlardan en önemli olan ve gelecek vaat edenleri aşağıda sunulmuştur;
-Erken klivaj gösteren embriyolar; Döllenme sonrası embriyoların 25-27. saatlerde incelenmesi ve erken klivaj gösteren (bölünen) embriyoların transfer için seçilmesinin gebelik oranlarını artırdığı düşünülmektedir.
-Embriyoskop; embriyoların döllenmeden başlayıp ana rahmine transferine kadar dakikası dakikasına gözlemlenebilmesini sağlayan kamera sistemi ile donatılmış gelişmiş bir inkübatördür. Bu yeni teknik her bir embriyoya ilişkin objektif ve kesin olan oldukça büyük miktarda görüntünün elde edilmesini ve böylece embriyoların döllenmeden başlayarak bölünme hızları ve bölünme kinetikleri belirlenerek, en iyi embriyonun seçimi ile ilgili ciddi ve önemli gelişmeler sağlamaktadır. Ayrıca embriyoların morfolojik özelliklerini ve gelişimlerini belirlemek için her gün inkübatörden çıkarılmalarının gerekmemesinden dolayı implantasyon ve gebelik oranlarını iyileştirerek embriyoların yeni açılardan tanınmasını bize sağlayacaktır. Ancak henüz rutin kullanıma girmemiş olup bunun gerekliliğide tartışma konularından bir tanesidir.
-Metabolomiksler, Yetişkin insanlar ve diğer canlılar gibi embriyolarda bir metabolizmaya sahiptir ve bulundukları ortamda bazı maddeleri tüketirken ortamada bazı maddeleri salgılarlar. İşte bu tüketilen ya da ortama salınan metabolizma ürünlerinin ölçülmesi ile embriyonun sağlık durumu ve anne rahmine tutunabilirliği arasında bir ilişki kurmak mümkün gözükmektedir. Bu yöntem umut verici olmakla birlikte henüz tam olarak oturmamıştır ve henüz rutin kullanım alanı yetersizdir.
-PGD; Kromozom anomalisi içermeyen ve bu nedenle anne rahmine tutunma olasılığı yüksek olan öploid embriyoların seçimine olanak veren bir uygulama olduğundan gebelik oranlarını artırdığı düşünülmektedir. Ancak henüz rutin kullanımı için yeterli bilimsel destekten yoksundur.