Klasik ICSI işleminde kullanılan spermler mikroskopta 400 büyütme altında dış görünüşlerine ve hareketliliklerine göre seçilirler.

IMSI adı verilen yöntemde spermlerin  içinde yer alan organeller ve hücre çekirdeği özel mikroskoplar kullanılarak ve 6000-8000 kat büyütülerek incelenebilmektedir.

Bu gelişmiş yöntem sayesinde sperm hücresinde bulunan ve kromatin stabilizasyonunu bozduğu bilinen vakuol (etrafı zarla çevrili boşluklar) gibi bazı hücre içi yapıların tespit edilmesi olası olup, bu defektleri göstermeyen ya da en az defekt gösteren spermler ile ICSI (mikroenjeksiyon) yapılmaktadır. Spermin embriyo gelişimine katkısı insanda iki ya da üçüncü günden sonra artmaktadır. Çünkü embriyo genomu yani sperm ve yumurtanın birleşmesiyle oluşan yeni genetik yapı bu dönemden sonra tam olarak faaliyete geçer. Genomun sağlıklı çalışmasının dolaylı bir göstergesi embriyonun blastosist evresine kadar yaşamını sürdürmesidir. Dolayısıyla IMSI yöntemi ile seçilen ve kromatin yapısının daha stabilize olduğu düşünülen embriyoların blastosist evresine ulaşma oranlarının, IMSI kullanılmadan seçilen spermlerle oluşturulan embriyolara göre daha yüksek olduğu gösterilmiştir. Tüm bunların sonucunda IMSI ile seçilen spermlerin kullanılmasının implantasyon ve gebelik oranlarını artırıp, erken dönem düşük riskini azalttığı düşünülmektedir. Ancak bu durum kesin kanıtları olan ve rutin kullanımı zorunlu görülen bir durum değildir.